説明/参照：
Explanation:
WindowsAzure Toolsによって作成されたRDP証明書を使用したくない場合に、代わりにカスタム証明書を使用したい場合は、以下のステップに従ってください。これらの手順は、パッケージがVisual Studioから発行されているのではなく、ローカルでビルドされ、Local MachineのドライブまたはWindows Azure Blob Storageに保存され、その後そこから発行されている場合にも使用できます。
これはあなたが遭遇しているかもしれない公開エラーをパスするために必要とされるステップです。
秘密鍵を含む証明書をポータルにアップロードする必要があります（VisualStudioを使用している場合、これはバックグラウンドで行われます）。
詳細な手順
Visual Studioで、開発中のソリューションに移動します。

Webプロジェクトを右クリック - >リモートデスクトップの設定 - >表示をクリックして証明書の詳細を表示します。

（私はカスタム証明書を持っていないので、私はWindows Azure Tools自身によって作成された証明書を使用します）証明書の詳細タブに移動します - >ファイルにコピーをクリックします。 - >次へ - >「はい、秘密鍵をエクスポートします」を選択します - >

次へ - >デフォルト設定を続行し、要求されたらパスワードを作成します（以下のスクリーンショットを参照してください）。これらのステップはこの証明書用の.PFXファイルを生成します。今度はこの証明書をにアップロードする必要があります。

ポータル（各クラウドサービス用）
Azure管理ポータルに移動します - >該当するクラウドサービスに移動します - > [証明書]タブ - >

新しく作成した証明書（.PFXファイル）をアップロードします
注意：
リモートデスクトップ接続に必要な証明書は、他のAzure操作に使用する証明書とは異なります。リモートアクセス証明書には秘密鍵が必要です。
Microsoft Azureは3つの方法で証明書を使用します。
管理証明書 - サブスクリプションレベルで保存され、これらの証明書を有効にするために使用されます。

SDKツール、Microsoft Visual Studio用のWindows Azureツール、またはService Management REST APIリファレンスの使用。これらの証明書は、どのクラウドサービスまたは展開からも独立しています。
サービス証明書 - クラウドサービスレベルで保存され、これらの証明書はデプロイされたユーザーによって使用されます。

サービス
SSHキー - Linux仮想マシンに保存され、SSHキーはリモートの認証に使用されます。

仮想マシンへの接続
参照：Windows AzureロールへのRDPにカスタム証明書を使用する方法
http://blogs.msdn.com/b/cie/archive/2014/02/22/how-to-use-custom-certificate-for-rdp-to-windows-azure- roles.aspx